Aria transcurre en Neo Venezia, una tranquila ciudad del planeta Aqua, antes Marte, en el siglo XXIV, después de que la humanidad aprendiera a hacer habitable un mundo que antes era inhabitable. Pese a su ambientación futurista, la ciudad conserva el encanto rústico de Venecia en Manhome, el planeta antes conocido como la Tierra. Los amplios canales, las vías navegables y las góndolas marcan la vida cotidiana, y la ciudad es casi una recreación fiel de la propia Venecia.
Para ayudar a residentes y visitantes a disfrutar de su belleza, las empresas de recorridos en góndola se han convertido en una parte esencial de Neo Venezia, y una de las más respetadas es Aria Company. Allí, Akari Mizunashi, una adolescente de espíritu libre procedente de Manhome, comienza su vida como aprendiz de Undine, el nombre que reciben las guías de góndola.
Mientras Akari se entrena junto a otras Undine, conoce a turistas y a habitantes locales, y se familiariza con el ritmo de Neo Venezia, Aria se centra en los encuentros serenos, el humor suave y las pequeñas maravillas de la vida cotidiana. A través de su trabajo y de las personas que conoce, Akari descubre lecciones sobre la bondad, la perseverancia y el significado de los milagros creados por el ser humano.