Another sigue a Kouichi Sakakibara, un estudiante transferido que regresa a la clase 3-3 de la secundaria básica Yomiyama Norte después de pasar el primer mes de clases de baja por enfermedad. Casi de inmediato, se siente atraído por Mei Misaki, una chica reservada con un parche en el ojo a la que conoció en el hospital durante su ausencia. El problema es que ninguno de sus nuevos compañeros reconoce la existencia de Mei; en cambio, le advierten que no se acerque a lo que no existe. Kouichi hace caso omiso de sus advertencias, se hace amigo de ella y empieza a entender por qué todos a su alrededor parecen estar tan asustados.
Una siniestra leyenda rodea a la clase 3-3 y al antiguo estudiante que está en el centro de ella, pero nadie está dispuesto a contarle a Kouichi la historia completa. A medida que la maldición que azota a la clase aprieta su cerco, empiezan a suceder extrañas tragedias, y la relación entre Mei y el desastre se vuelve cada vez más difícil de ignorar. Con un ambiente cada día más asfixiante, Kouichi, Mei y sus compañeros se ven obligados a enfrentarse al inquietante misterio que se esconde tras su aula, sabiendo que cada respuesta los acerca a un alto precio.
