Aharen-san wa Hakarenai sigue a Raidou, un estudiante de primer año de instituto que entra en clase con la esperanza de hacer amigos, y a Reina Aharen, la chica menuda y de voz suave que se sienta a su lado y parece imposible de descifrar. Reina quiere lo mismo, pero le cuesta calcular la distancia, el volumen de voz y la cercanía apropiada con otra persona, de modo que un simple saludo puede acabar convertido en un largo silencio incómodo. Raidou, por su parte, es tan imaginativo que a menudo convierte su extraño comportamiento en teorías elaboradas, lo que solo hace que sus intentos de acercarse resulten aún más ridículos.
De ese desajuste nace una comedia escolar ligera y de humor seco, construida a partir de pequeños incidentes cotidianos: hablar en clase, compartir el almuerzo, volver juntos a casa y aprender a responder al silencio del otro sin ponerse nerviosos. A medida que Raidou y Reina pasan más tiempo juntos, sus compañeros, los malentendidos fortuitos y los pequeños gestos de amabilidad amplían poco a poco su círculo y dan margen a su relación. Aharen-san wa Hakarenai convierte esos pequeños momentos en el núcleo de la franquicia, y encuentra calidez en el esfuerzo que les cuesta a dos personas torpes entenderse y en el tranquilo consuelo de una amistad que cada vez resulta más fácil de medir, aunque ninguno de los dos llegue a expresarlo con palabras.