Koe no Katachi sigue a Shouya Ishida, un niño de primaria que intenta combatir el aburrimiento con crueldad, y a la estudiante nueva y sorda Shouko Nishimiya, cuya llegada a su clase convierte las travesuras menores en crueldad abierta. Shouya y el resto de los alumnos acosan a Shouko por diversión, pero, después de que la madre de Shouko avisa a la escuela, Shouya queda señalado y se le culpa de todo lo que le hacen. Cuando Shouko se cambia de colegio, él se queda a solas con las consecuencias de sus propios actos, y pasa el resto de primaria y la secundaria siendo marginado mientras los profesores hacen la vista gorda.
En su tercer año de instituto, Shouya sigue atormentado por lo que hizo de niño. Consumido por el remordimiento, decide buscar de nuevo a Shouko e intentar enmendarse, aunque no puede saber si ella lo aceptará. Koe no Katachi relata ese reencuentro y el difícil camino hacia la redención, siguiendo el sincero intento de Shouya por expiar sus culpas mientras las sombras de su pasado continúan persiguiéndolo. En el proceso, la historia se convierte en un drama sobrio sobre la culpa, el perdón y la posibilidad de empezar de nuevo.