A-Channel se centra en la vida cotidiana de cuatro chicas de instituto, cuya amistad está marcada por sus personalidades contrastantes y por una rutina compartida que las mantiene muy unidas. Despistada y de buen corazón, Run Momoki es la mejor amiga de Tooru Ichii desde la infancia. Aunque Run es un año mayor, su actitud despreocupada y su popularidad entre los chicos son un constante quebradero de cabeza para la ferozmente sobreprotectora Tooru, que solicita plaza en el mismo instituto para poder seguir a su lado.
Sin embargo, para cuando Tooru llega, el dúo de siempre ya se ha convertido en un cuarteto. Las compañeras de clase de Run, Yuuko Nishi y Nagisa Tennouji, ya forman parte de su vida diaria, y a ojos de Tooru ambas deben demostrar que son dignas de confianza. Con el comienzo de un nuevo curso escolar, Run, Tooru, Yuuko y Nagisa compaginan su amistad con las emocionantes oportunidades que ofrece la vida escolar, convirtiendo los días corrientes en el instituto en el retrato de un grupo que no deja de crecer, incluso mientras Tooru intenta aferrarse al vínculo que más atesora.