86 transcurre en la República de San Magnolia, una nación que presume de librar una guerra incruenta contra el Imperio Giadiano mientras su mayoría alba vive a salvo tras murallas fortificadas. Esa paz se sostiene sobre las vidas de los oprimidos Eighty-Six, ciudadanos despojados de sus nombres y derechos y obligados a pilotar unidades de combate no tripuladas desde el frente. Para la gente dentro de la República, la guerra sigue siendo una consigna lejana; para quienes están fuera, es una lucha diaria por sobrevivir en un sistema que los considera prescindibles.
Vladilena Milizé es asignada como controladora al Escuadrón Spearhead, una unidad curtida de Eighty-Six dirigida por el estoico Shinei Nouzen. A medida que Lena y Shin aprenden a confiar el uno en el otro al otro lado del muro que los separa, 86 se expande como una historia de desconfianza, culpa, duelo y la frágil posibilidad de la esperanza. A lo largo de la franquicia, soldados, controladores y la maquinaria bélica luchan por aferrarse a la dignidad y la humanidad en un país sostenido por la deshumanización.