7 Seeds comienza cuando Natsu Iwashimizu, una tímida estudiante de secundaria, despierta en un extraño mundo nuevo tras quedar atrapada con cinco desconocidos en una embarcación que se hunde rápidamente a causa de una violenta tormenta, separada de la vida que conocía. Lo que les rodea no es una isla desconocida ni una zona de desastre aislada, sino las secuelas de un futuro en el que la humanidad ya ha perecido tras una catástrofe que devastó la Tierra. Mucho antes del colapso, los líderes mundiales planearon la supervivencia, y el gobierno japonés creó el proyecto Seven Seeds, dividiendo a hombres y mujeres seleccionados en los equipos Invierno, Primavera, Verano A, Verano B y Otoño, que serían enviados al futuro una vez que el planeta volviera a ser habitable. Cada grupo debe llegar a uno de los refugios preparados «Seven Fuji», donde semillas, libros y provisiones pueden ayudarlos a reconstruir.
Natsu nunca fue una de las personas elegidas por tener aptitudes prácticas como artes marciales, conocimientos especializados o arquitectura. Es tímida, se abruma con facilidad y apenas es capaz de alzar la voz para gritar, pero el paisaje hostil no le deja más opción que seguir adelante con los demás. A medida que supervivientes como Ango, Arashi Aota, Hana Suguruno y Takahiro Aramaki tratan de salir adelante en ese mismo mundo en ruinas, la serie amplía su mirada más allá de un solo equipo para mostrar personalidades enfrentadas, guías cargados con una responsabilidad de vida o muerte y grupos obligados a elegir entre la desconfianza y la cooperación. Su camino hacia los refugios «Seven Fuji» convierte la supervivencia en una prueba de resistencia en un mundo posapocalíptico lleno de peligros, incertidumbre y el peso de llevar adelante la última esperanza de la humanidad.